负责机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、信访、会务、机要、保密、档案、安全、后勤、新闻宣传等工作。组织起草综合性材料、重要文件。负责人大政协建议提案、领导重要批示件督办工作。负责机关和所属单位干部人事管理、机构编制工作。负责机关离退休干部服务管理工作，指导所属单位离退休干部服务管理工作。指导农业农村水利人才队伍建设。负责部门预决算、国有资产管理、政府采购监督管理、绩效评价和内部审计工作，承担机关财务工作。参与专项转移支付资金管理工作。研究拟订水利工作的综合性政策。指导农业、水利行政执法体系建设和农业综合行政执法工作、水政监察和水行政执法工作。承担农业水利行政许可监督、规范性文件、重大行政决策、合同的合法性审核和重点工作的贯彻落实情况工作。承担行政复议、行政应诉等相关工作。承担政府法律顾问管理工作。负责普法宣传工作。负责做好行政许可、日常管理服务类等事项的审批、核准、备案等工作。