倭井潭建于明嘉靖三十六年（1557年），相传十六世纪中叶岱山被倭寇占领时，有渔家三姐妹疾恶如仇，见义勇为，投毒于潭，以灭倭寇，与倭寇格斗后丧身，乡人砌潭为井，立碑以祀，因此得名。1958年，长涂军民在井边扩建水池。1989年，抗倭碑遭到严重破坏。1992年重建水池和抗倭碑。倭井潭是明嘉靖年间长涂人民与倭寇进行斗争的实证，在抗倭斗争中具有重要的历史地位，是爱国主义教育基地。2003年公布为岱山县级文物保护单位。