慈云庵始建于清代，曾于1983年维修。正大殿7间，明间用7檩，抬梁结构，单檐硬山顶，左右次间、梢间均为穿斗结构；现明间与左右次间开通为大殿，主供观音菩萨；左右厢房各3间，穿斗结构。慈云庵原为山顶一小庵，供来往路人休息喝茶，磨心山古道从门前经过。现原庵四周进行大规模扩建，形成磨心山慈云禅寺，扩建后有台门、众大殿、钟楼、藏经楼、左右厢房及围墙等建筑，新旧建筑加起来建筑面积10200余平方米。1988年公布为岱山县县级文物保护单位，2010年公布为舟山市市级文物保护单位。